新しい駅と周辺整備の計画は、衰退化している駅周辺地区を再生し・活性化することを目標としています。駅舎の計画はＤＳＢ（デンマーク鉄道会社）との共同プロジェクトとして進められました。基本コンセプトは「時を演出するゲート」、駅らしいこと・人にやさしいこと、・美しいこと、・周辺空間と調和することを目指しました。
平面計画は、ロトンダを中心に、駅業務ゾーンと商業ゾーンを分離し、明快な平面計画としました。函館は日本で最も早く港が開港され、先取的な歴史を持っており、シンプルでモダンな２１世紀の函館を代表する、新たな魅力あるデザインを次世代に伝えることをデザインのテーマとしています。